S'exprimant devant 3.000 personnes, la plupart membres du clergé, le souverain pontife a affirmé au cours d'une messe que le temps de la purification et la guérison était venu. Des cardinaux et des évêques venus de tous les Etats-Unis étaient présents.
"Je veux simplement vous assurer, chers prêtres et religieuses, de mon soutien spirituel alors que vous vous efforcez de répondre, avec l'espérance chrétienne, aux défis continus que cette situation présente", a déclaré Benoît XVI.
Il a aussi appelé à coopérer avec les évêques qui, selon lui, essayent de résoudre la crise.
La journée de samedi était marquée par le troisième anniversaire de l'élection de Benoît XVI, qui a été fêté par les cardinaux, les évêques, les prêtres et les religieuses massés dans la cathédrale gothique située sur la Cinquième avenue, en plein Manhattan.
Le souverain pontife a semblé très ému quand le cardinal Tarcisio Bertone, numéro deux du Vatican, et d'autres personnes lui ont présenté leurs meilleurs voeux pour cet anniversaire à la fin de la messe. Le pape a affirmé que lui, comme St Pierre, était un "homme avec ses défauts".
Le pape a ensuite mené une procession, bénissant les fidèles qui l'acclamaient.
A son arrivée, le souverain pontife avait été accueilli par le maire de New York Michael Bloomberg, alors que l'ancien maire Rudy Giuliani était à l'intérieur du bâtiment. Benoît XVI a béni la cathédrale Saint Patrick, avant d'entrer dans l'édifice et de se diriger vers l'autel.
Après cette messe, le pape s'est rendu au séminaire St Joseph, toujours à New York, pour s'adresser à des jeunes catholiques. En arrivant, il a béni une cinquantaine de jeunes infirmes dans la chapelle du séminaire. Deux fillettes l'ont serré dans leurs bras et lui ont donné un tableau.
Dimanche, pour sa dernière journée aux Etats-Unis, il doit se rendre à Ground Zero avant de célébrer une messe dans le stade de l'équipe de baseball new-yorkaise des Yankees.
Vendredi soir, selon le Vatican, le pape était sorti de sa résidence de "Upper East Side" pour saluer une foule de plus de 500 personnes qui avaient patienté pendant plusieurs heures pour le voir. Il avait serré des mains et béni la foule avant de retourner à l'intérieur.
Un peu plus tôt, devant l'Assemblée générale des Nations unies, il avait plaidé pour le respect des droits de l'Homme, en particulier de la liberté religieuse, affirmant y voir la clé pour résoudre nombre des problèmes du monde.
Pendant les trois premiers jours de sa visite officielle aux Etats-Unis, le souverain pontife, arrivé mardi soir, avait dénoncé les scandales de pédophilie au sein du clergé américain.
Des milliers de prêtres ont été accusés d'agressions sexuelles sur mineurs aux Etats-Unis depuis les années 50. L'Eglise catholique a dû payer plus de deux milliards de dollars (1,2 milliard d'euros) d'indemnités, dont l'essentiel au cours des six dernières années.