Le général Muhammadu Buhari, arrivé en deuxième position, a notamment affirmé que les résultats avaient été "truqués", mais il n'a pas appelé à la tenue de manifestations publiques de protestation.
Dans la soirée, sans que l'on sache s'il y avait un lien avec les élections, des fusillades nourries ont éclaté dans le sud du pays, riche en pétrole, entre des hommes armés et les forces de sécurité. La police faisait état d'au moins sept morts.
Selon le président de la Commission électorale Maurice Iwu, M. Yar'Adua, âgé de 56 ans et gouverneur musulman de l'Etat nordiste de Katsina, remporte le scrutin à une écrasante majorité. Soutenu par le président sortant Olusegun Obansanjo, il a obtenu 24,6 millions de voix, soit trois fois plus que le candidat que le général Buhari. Ce dernier, ancien chef de la junte militaire dans les années 80, a obtenu 6,6 millions de voix; l'actuel vice-président Atiku Abubakar, ancien PDP devenu candidat de l'Action Congress (AC), en a recueilli 2,6 millions. Le taux de participation parmi les 61 millions d'électeurs n'a pas été précisé.
Les principaux partis politiques du Nigeria ont rejeté le scrutin, le qualifiant de frauduleux, et des observateurs locaux et internationaux ont fait état d'irrégularités importantes. La mission d'observation de l'Union européenne a affirmé que le vote n'était pas crédible et les Etats-Unis ont évoqué des irrégularités, "profondes" dans certains cas. Washington a appelé les partis politiques à régler ces questions par la voie légale.
Le général Yar'Adua, généralement sombre, s'est autorisé un sourire crispé à la télévision publique pour dire qu'il n'était pas surpris de cette victoire "parce que mon parti est fort". "Je ressens de la gratitude envers le Tout-puissant", a ajouté ce musulman pratiquant.
Dans une intervention télévisée donnée avant l'annonce des résultats, le président Olusegun Obasanjo, qui ne pouvait pas se représenter après avoir effectué deux mandats, a accusé l'opposition d'"attiser les braises de la haine" et de s'engager dans des "activités subversives".
Le chef de l'Etat, dont l'élection en 1999 avait mis fin à 15 ans de pouvoir militaire quasi-ininterrompu, a reconnu que le vote, censé consolider la démocratie avec ce premier passage de relais entre civils depuis l'indépendance en 1960, avait été imparfait, mais il a affirmé que les Nigérians étaient néanmoins attachés à la démocratie. Il a ajouté que ceux qui se sentaient floués devraient en référer aux tribunaux. Un des deux principaux partis d'opposition, dénonçant des fraudes, a déjà annoncé qu'il engagerait une action en justice.
Les prix du pétrole étaient à la hausse lundi, les investisseurs s'inquiétant de la situation politique au Nigeria, le plus grand producteur de pétrole d'Afrique. Si le scrutin s'est déroulé globalement dans le calme, les investisseurs craignent que les résultats n'entraînent de nouvelles tensions.
Il semble toutefois peu probable que des violences importantes en découlent. Les Nigérians ont exprimé leur frustration quant à l'état de leur démocratie, mais leur désillusion et leur cynisme, ainsi que la crainte des forces de sécurité, devraient les retenir d'aller au-delà. Du reste, la présidentielle a été précédée par une vague de violence. Celle-ci a fait une centaine de morts ces dernières semaines, dont une cinquantaine lors des élections des gouverneurs et Parlements locaux dans les 36 Etats du pays le 14 avril, selon les médias locaux.